L'ulcère est la conséquence d'une destruction de tissus par :
défaut d'apport des éléments nécessaires à sa nutrition, principalement l'oxygène entraînant une hypoxie tissulaire.
présence de substances toxiques pour les cellules, non ou mal évacuées par le système veineux ou lymphatique dont le rôle "d'égoutier" de l'organisme n'est plus assuré.

Trois théories s'affrontent (ou se complètent) quant aux mécanismes physiologiques :
une ouverture des shunts artério-veineux,
la formation d'un manchon péri-capillaire de fibrine (théorie de Browse et Burnand),
le "trapping" des globules blancs avec libération dans le tissu interstitiel de médiateurs de l'inflammation.